Чего-то я уже ничего не понимаю: филиал-отдельная организация, со своим адресом, ИНН и прочими.. Есть договор, есть счет, оплатили они сами за себя, а теперь хотят документы на, грубо говоря, другую организация?
Если у вас проблема сугубо техническая, проводите и оплату и отгрузку на голову, то бишь на другого контрагента. Хотя я бы так не делала...
ЗЫ А раньше вы как с ними работали?





