Теория
Часто встречаются на практике случаи получения продавцом частичной предоплаты по договору или конкретному счёту, в которых имеются разные группы товаров с НДС 10%, 18% или и вовсе без НДС, когда неизвестно заранее – по каким ставкам и сколько товара заберёт покупатель в рамках своей предоплаты
Ранее подход налоговиков был однозначным: при невозможности предугадать на какие товары пойдёт частичная предоплата – для авансового СФ идёт общая расчётная ставка НДС 18/118… и это понятно… раз СФ составлялся лишь в одном экземпляре «для себя», то чем больше исчислен НДС, тем выгоднее Родине.
Правда потом налоговики косо смотрели, когда отгружались товары с НДС 10%, а к зачёту шёл авансовый НДС 18/118 по сумме отрузки.

В этом же году у покупателей появилось право зачитывать авансовый НДС по своим денежным расходам по предоплатам поставщику. Логично, что поменялся и подход.

Сначала вышло
Письмо Минфина РФ от 6 марта 2009 г. N 03-07-15/39
в котором поставщик уже может выбрать для частичной предоплаты пропорциональный способ исчисления авансового НДС:
"При получении предварительной ...частичной оплаты по договорам поставки товаров, налогообложение которых осуществляется по ставкам как 10, так и 18 процентов, в счете-фактуре следует ...выделять товары в отдельные позиции исходя из сведений, содержащихся в договорах, с указанием соответствующих ставок налога"

Следующее же
Письмо Минфина РФ от 9 апреля 2009 г. N 03-07-11/103
сняло все существовавшие ранее претензии к зачёту у поставщика авансового НДС при конкретной отгрузке:
«Таким образом, после отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг) поставщик имеет право принять к вычету исчисленные им суммы налога на добавленную стоимость по полученной от покупателя этих товаров (работ, услуг) предварительной оплате (частичной оплате), указанные в составленном им счете-фактуре.»

На пальцах: что бы ни показали в своей авансовой СФ к уплате Родине – всё равно столько и зачтёте при отгрузке…
покажите 18/118 – зачтёте 18/118 и не важно, что отгрузили: 0, 10, 18…
покажите пропорцию – зачтёте пропорцию и не важно, что отгрузили: 0, 10, 18…

Практика
Для реализации пропорционального метода авансового НДС в программе – достаточно в техзадании задать следующий алгоритм применительно к конкретной конфигурации:
1. есть Заявка от покупателя с конкретной номенклатурой и суммами
2. есть Письмо Минфина о том, что в авансовых СФ достаточно показывать группы товаров, в общем случае 0, 10, 18 (три строки)
3. есть док Строка выписки (приход), где есть Основание (п.1)
4. есть док СФ с опцией аванса, где есть Основание (п.3)
5. есть волшебное слово "плепорция" для заполнения в п.4 трёх реквизитов 0, 10, 18