В соотв. с п. 11 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утв. Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914 (ред. от 26.05.2009), в книге покупок не регистрируются сч/ф, полученные на сумму оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, составленные и (или) полученные после получения (составления) сч/ф при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав.
Учитывая изложенное, организация (покупатель) не регистрирует в книге покупок полученный сч/ф на сумму частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров, который был составлен и получен после сч/ф на реализацию товаров.