Мы - ООО на УСН, поставляем товар нашим клиентам, а в части организации доставки товара до покупателя по договору являемся агентом. Сегодня увидел, что бухгалтер оказывается не выставлял контрагентам счет-фактуру вообще. Хотя транспортная компания находится на ОСН и счет-фактуру нам выставляла с выделенным НДС. Слышал, что мы должны были перевыставить принципалу счет-фактуру от своего имени с выделением НДС, но у себя вроде не проводить. Так вот, мой бух. предоставлял все это время клиентам только накладные (в них стоимость доставки входит в стоимость товара). Так можно? Если нет, то что за это будет (и будет ли вообще, ведь последствия вроде для налоговой лучше – никто не возмещает НДС, уплаченный транспортникам. Будет ли у налорга к нам претензия по данному поводу?), и если так низя – как исправить?

Заранее спасибо за ответы.