После обновления с 7.70.157 на 7.70.160 исчезла вся информация о вычетах в справочнике Сотрудники, соответственно вычеты не применяет, но - после заполнения их туда заново - все равно не применяет. Есть вероятность, что в конфу кто-то лазил кривыми руками, но обновлялась она закатыванием полностью нового релиза. Что можно попробовать сделать, где посмотреть?