Вообще-то по правилам хранения бухгалтерских документов, к коим относится и счет-фактура, они должны направляться и храниться в бухгалтерии. А при необходимости бухгалтерия предоставляет заверенные копии куда необходимо. При составлении книги покупок все счета-фактуры должны быть приложены в оригиналах, поскольку если придет налоговая инспекция с проверкой - долго вам придется собирать все первичные документы со всех аптек. А налоговая инспекция ждать не будет и "припаяет" штрафы по полной. Так что решайте, что для вас важнее: номера ГТД или штрафы от налоговой и невозможность принять входной НДС к вычету?

И еще "ксерением" никто не занимается. Вообще такое действие называется ксерокопированием.