Под СМР для собственных нужд, облагаемых НДС по ст.159 НК РФ, попадают попадают работы, перечисленные в п. 19 Приказа Росстата от 12.11.2008 №278:
К строительно-монтажным работам (включая монтаж и наладку оборудования, необходимых для эксплуатации зданий, например, установка и монтаж оборудования для отопления, вентиляции, лифтов, систем электро-, газо- и водоснабжения и т.п.) выполненным хозяйственным способом, относятся работы, осуществляемые для своих нужд собственными силами организации, включая работы, для выполнения которых организация выделяет на стройку рабочих основной деятельности с выплатой им заработной платы по нарядам строительства, а также работы, выполненные строительными организациями по собственному строительству (не в рамках договоров подряда, а например, при реконструкции собственного административно-хозяйственного здания, строительству собственной производственной базы и т.п.).
Вот и решайте. Соответствуют работы, которые вы осуществляете в ходе ремонта определению СМР хозспособом, или нет. Если соответствуют, есть шанс, что Вас заставят начислить НДС на стоимость осуществленных работ.