Про "черные" отпускные забудьте. Только если полюбовно договоритесь с организацией.
Деньги получайте любые, пока дают.
С трудовой можете отказаться опять получать, но тут уж думаю, вам ее по почте отправят. Так что мало что вам это даст. Лучше получите, только задним числом не расписывайтесь.
А вообще, чего вы хотите? Получить положенные вам деньги – вам положены с «белой» з/п. Думать нужно было, когда НДФЛ в бюджет недоплачивали – у всего есть свои плюсы и минусы.
Просто пошантажировать работодателя? Ну попробуйте. Себе нервов потратите много и не факт что чего-то добьетесь. Лучше уже тогда сразу юриста нанимать.
А если вам вернут все документы и выплатят все белые отпускные, пусть и с некоторым запозданием, то я бы на вашем месте не стал предъявлять претензии.