Тема: контракт с "упрощенцем" - помогите!

Наша организация при заключении Государственного контракта с "упрощенцем" цену указала.... млн. руб., в т.ч. НДС. Ни наше руководство, ни контрагент на это не обратили внимание.
Наступил момент оплаты за поставку услуги. ИП просит выставить ему счет на всю положенную сумму, но без указания НДС. Не могу убедить руководство, что для государственного учреждения не имеет значения система налогообложения контрагента. Главное - не менять условия Госконтракта, в т.ч. и сумму НДС, т.к. для этого нет законных оснований.
В 94-ФЗ обоснования именно по вопросу включения-исключения НДС ничего не нахожу. Разъяснения Минфина по взаимоотношениям с упрощенцем относятся только к вопросам самого порядка определения цены. Такие ляпы, как у нас, конечно не рассматриваются.
Помогите обосновать - если, конечно, считаете, что я права.

ИП просит выставить ему счет на всю положенную сумму, но без указания НДС.

от забот ошиблась - просят оформить КС-3 без указания НДС. Извините, сама всех запутала.
Да, наша организация заказчик, ИП - исполнитель.

Потом мы прикладываем копию уведомления УСН и направляем им письмо об этом. Потом составляется допсоглашение к контракту где написана сумма та же, только без НДС.

При этом варианте - на какой ФЗ можно ссылаться? Ведь в структуре цены выделен НДС, о чем и говорится в контракте. Как можно оставить цену контракта прежней, исключив НДС. Что скажете потом налоговой?

прошу прощения, ошиблась - просят оформить не счет, а справку о стоимости работ КС-3 без выделения суммы НДС. Извините, сама всех запутала.
Да, наша организация заказчик, ИП - исполнитель.

Потом составляется допсоглашение к контракту где написана сумма та же, только без НДС.

А проверяющие из финорганов по таким допам замечания делали, Вы не в курсе? У нас же у каждого контролера свое мнение.

вот вопрос такой, если ООО на ТСНО покупает товар для перепродажи у ООО на УСНО, соответственно без НДС, перепродавать товар надо с НДС? увеличивать покупную стоимость на 18%

вот вопрос такой, если ООО на ТСНО покупает товар для перепродажи у ООО на УСНО, соответственно без НДС, перепродавать товар надо с НДС?

Да, продавать с НДС