Время начисления вознаграждения (то есть, начислено оно до или после оплачиваемого события) не имеет значения.
Поэтому если премия была начислена после предоставления отпуска, например, отпуск, предоставлен в январе, а годовая премия начислена в марте, то следует пересчитать отпускные и произвести необходимую доплату работнику.
Аналогичные разъяснения были даны Н.З. Ковязиной, начальником отдела трудовых отношений и оплаты труда Минздравсоцразвития России, в интервью, опубликованном в журнале "Российский налоговый курьер", N 3, февраль 2008 г.