Есть несколько вариантов. Либо вы включаете стоимость доставки с в стоимость товара, тогда ни каких отдельно выставленных услуг не будет они будут "сидеть" в цене товара.
Либо вы перевыставляете стоимость услуг ( т.е. их вам компенсируют) - цена та же что у компании-перевозчика, можно как отдельной строкой в той же счет-фактуре так и отдельным документом.
Возможно, что на стоимость услуг по доставке вы накрутите свой процент или получите комиссионные, тогда вы уже выходит организуете доставку за отдельную плату. Тут нужно будет на стоимость услуг доставки отдельный акт на оказание улуг, ну и лучше отдельную счет-фактуру.
При этом если вы комиссионер, то документация особая.
Вариантов довольно много. Нужно смотреть договор, нужно решить что вам и вашим клиентам удобнее и выгоднее. Так что вышеозначенный совет про бухгалтера смысла не лишен.
