налоговый орган ничего не утверждает. Он не дает разрешений или запретов на применение УСН.
Первая же выездная проверка (а она вам сейчас практически гарантирована) пересчитает Вам налоги по ОСНО. Естественно, не в рамках этой проверки налорги не могут предпринять каких-либо шагов, поэтому они сейчас и не предпринимают их. Они Вас честно предупредили, а будете Вы добровольно пересчитывать или дождетесь пока за Вас их пересчитают и доначислят штрафы за неуплату налогов, решать Вам

Формально, в 2008 году Вы должны были оставаться на УСН. Потому что список полезных ископаемых в конце года приняли у вас и тут можно попытаться отбиться, что обратную силу придать документу нельзя и что ранее нового налогового периода изменения не могут начать действовать.
Но с 2009 года Вы обязаны были однозначно применять ОСНО
