Я не встречал в законах и инструкциях указаний, что один налоговый агент должен или даже может учитывать данные другого налогового агента, а тем более предоставлять за другого агента налоговые вычеты. Поэтому, раз у Вас есть заявление сотрудника, то:
1. До июля Вы не имеете права предоставлять вычет.
2. Учитывать доход на другом месте работы не нужно.
На практике "стеснительные" расчетчики все же учитывают заработок на прежнем основном месте работы за тот же налоговый период, хотя даже у них могут быть спраки 2-НДФЛ не со всех мест работы нового основного сотрудника.



