НДФЛ удерживается из средств работника, а не средств учреждения, поэтому говорить о нецелевом использовании бюджетных средств в данном случае нельзя. Вот в первом случае - можно, но не во втором.
А почему срок давности год?

До 04.08.2013 срок привлечения к административной ответственности по делам о нецелевом использовании бюджетных средств составлял 2 месяца.

А с 04.08.2013 - 2 года.
Если нарушения были совершены до 04.08.2013, то в силу п. 1 ст. 1.7 КоАП РФ к ним применяется срок давности в 2 месяца.