Организация ввозит товар, оплачивая перевозку (в т.ч. НДС) российским организациям.
Стоимость перевозки включается в состав налоговой базы по НДС, который уплачивает импортёр как налоговый агент (п.2а Положения о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при перемещении товаров между Российской Федерацией и Республикой Беларусь, приложения к Соглашению от 15 сентября 2004 года между правительством Российской Федерации и правительством Республики Беларусь о принципах взимания косвенных налогов при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг).
Вопрос:
Можно ли уплачиваемую российским перевозчикам сумму НДС включить в состав налоговых вычетов в общем порядке?
IMHO, да.

