Добрый день!
По поводу Вашей ситуации хочу пояснить следующее.
Отсутствие договора, в том числе его утеря, не является препятствием для обращения в суд с требованием о возврате уплаченных контрагенту сумм.
Возникновение обязательств между Вашей компанией и поставщиком подтверждается имеющимся у Вас платежным поручением, а также подписанным между сторонами соглашением о расторжении утерянного договора.
Факт наличия договора в Вашем случае не так важен, как факт перечисления денежных средств контрагенту, встречное исполнение от которого Вы так и не получили. Как я понимаю, поставка не состоялась, поэтому поставщик не сможет представить в суд доказательства исполнения обязательства по поставке товара. Таким образом, налицо неосновательного обогащение поставщика за счет перечисленных Вами денежных средств.
Могу с уверенностью сказать, что у Вас не возникнет никаких проблем при обращении в суд с требованием о взыскании с поставщика суммы неосновательного обогащения (глава 60 ГК РФ) и процентов за пользование чужими денежными средствами в порядке, предусмотренном ст.395 ГК РФ.
Обратитесь к юристу за грамотным оформлением искового заявления.
Желаю удачи!

Кстати,еще один важный момент: Вы написали,что прошло 3 года с даты предоплаты. Убедитесь в точности периода времени, истекшего с момента осуществления оплаты. Дело в том, что для споров о взыскании неосновательного обогащения установлен общий срок исковой давности - 3 года с момента,когда Вы узнали или должны были узнать о факте неосновательного обогащения.Если 3 года истекли, Вы в любом случае можете обратиться в суд, но в случае указания поставщика (ответчика) в судебном заседании на пропуск исковой давности суд откажет Вам с иске и в дальнейшем судебной защиты по данному спору Вы получить не сможете ...