1С:Предприятие 8.2 (8.2.14.540)
Зарплата и кадры бюджетного учреждения, редакция 1.0 (1.0.37.1)
Бухгалтерия государственного учреждения, редакция 1.0 (1.0.10.2)

В плане счетов по 109.71 в обоих стоят виды субконто: виды затрат и подразделения.
В ЗиК в документах по начислению их выбираем, "отражение зарплаты в бухучете" заполняем автоматом.
В ЗиК в документе "отражение зарплаты в бухучете" стоят виды субконто: виды затрат и счета-фактуры полученные. Субконто счета-фактуры заполнено подразделениями.
Выгружаем в бухгалтерию.
В Бухгалтерии в документе "отражение зарплаты в бухучете" стоят субконто: виды затрат и подразделения. Субконто подразделения - пустое.
Где глюк?