что-то у вас название темы никак не соответствует ее содержанию.
Давайте определимся: продажа доли и выход участников - это две большие разницы. Это два разных юридических факта, влекущих разные последствия.
Если отвечать не по названию, а по содержанию темы

, то общество должно выплатить не компенсацию, а действительную стоимость доли (ДСД). И не факт, что в размере номинала, ибо действительная стоимость доли определяется как часть чистых активов общества, пропорцинальная доли вышедшего участника. Чистые активы считаете по балансу, используя для этого методику, утвержденную ФКЦБ для акционерных обществ, для ООО она тоже применяется. На форуме ссылки на эту методику были не раз.
Выплатить ДСД можно любым законным способом - наличными, безналичными денежными средствами, можно вообще выдать имуществом, если и вышедший участник согласен, и общее собрание так решило. Если у вас выходит из общества физлицо, не забудьте удержать НДФЛ

В зависимости от выбранного способа выплаты ДСД определяется и документ, подтверждающий выплату - ПКО, платежное поручение, акт передачи+протокол общего собрания и т.д.
Представление документов в ИФНС зависит от того, ради каких целей вы собираетесь это делать. Если для регистрации перехода доли к обществу и/или ее последующего распределения (продажи), то не надо ничего, регистрирующий орган этот вопрос не волнует совершенно.
Если для уплаты налогов, то надо оформить первичку правильно, отчетность сдать и правильно начислить налоги