Тут можно двумя путями:
1. Ввести данные о сотруднике в справочник "Сотрудники" (Документы приёма на работу и увольнения делать не надо

Ввести новое начисление "ГПХ", для которого правильно указать код НДФЛ и обложение страховыми взносами и ФСС. Для этого начисления нужно создать новый способ отражения зарплаты в бухучёте Дт08Кт70. В Документ Начисление зарплаты вручную вносим этого сотрудника, ставим начисление "ГПХ" и сумму. Далее как обычно - начисление взносов и выплата зарплаты.
2. Не создаём новую запись в справочнике "Сотрудники", а только в справочник "Физлица". Для ввода информации о начислении по ГПХ и налогов воспользуемся блоком вспомогательных документов по вводу данных о зарплате из внешней программы: Меню - Зарплата - Данные учёта зарплаты во внешней программе. С помощью документа "Отражение зарплаты в регламентном учёте вводим данные о всех проводках (начисление ГПХ, страховые взносы, НДФЛ), а с помощью документа "Ввод доходов НДФЛ, налогов и взносов с ФОТ" вводится информация для корректного заполнения отчетности по ПФР и 2-НДФЛ.