Добрый день!

Ситуация следующая:
Организация применяла ЕСХН. В 2012 году налоговая провела проверку и, установив, что доля выручки от реализации с/х продукции составила по итогам 2010 года менее 70% общей выручки от реализации, приняла решение о привлечении организации к ответственности и доначислила налоги, начиная с 01.01.2010 года по общей системе налогообложения. Организация с решением налоговой не согласилась и обжаловала его в суд, т.к. считает, что доля выручки от реализации с/х продукции не составила менее 70%. Решение суда на сегодняшний день не вынесено, но, опасаясь, что оно будет не в пользу организации, которую я представляю, начинаем задумываться о том, в каком размере придется платить налоги, если суд проиграем. По моим прогнозам решение будет вынесено или в конце декабря 2013 г. или в январе 2014 г. В частности, интересует следующий вопрос:
Сможет ли организация принять к вычету суммы НДС, уплаченные в 2010 году?
Что получается:
Организация слетела с ЕСХН по итогам 2010 года, поэтому обязана пересчитать налоги за 2010 год (2011 - 2013 не будем рассматривать) по ОСН и уплатить их в бюджет в течение января 2011 года (п. 4 ст. 346.3 НК РФ).
Когда организация будет рассчитывать НДС, она применит налоговые вычеты, в результате которых по итогам 2010 года НДС на возмещение не тянет, но существенно уменьшится. Но! Пункт 2 ст. 173 НК РФ устанавливает, что срок для возмещения НДС составляет 3 года после окончания налогового периода. Несмотря на то, что речь идет о сроке применительно к возмещению, судебная практика и позиция Минфина в подавляющем большинстве сводится к тому, что указанный 3-х летний срок распространяется и на случае вычета НДС без возмещения.
Однако я не нашел практики применительно к своему случаю. Организация не подавала заявления о том, что она слетела с ЕСХН, решение налоговой о доначислении налогов не вступило в законную силу, если и вступит, то не ранее марта 2014 года. Можно ли в этом случае утверждать, что 3-х летний срок на вычет по НДС начнет течь после вступления в силу решения налоговой инспекции (т.е. после вступления в силу решения суда об отказе организации в признании недействительным решения налогового органа)?
Какие будут мнения?