Поскольку согласно агентскому договору Агент выступает от своего имени, то счета-фактуры покупателям (Заказчикам) с выделением суммы НДС должен выставлять Агент от своего имени, а реквизиты этих счетов-фактур передавать Принципалу (п. 20 Правил ведения книги продаж, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость Постановления N 1137). То есть Агент в выставленном покупателю услуг счете-фактуре указывает в качестве продавца наименование своей организации в соответствии с учредительными документами (письмо Минфина России от 29.04.2013 N 03-07-09/15077). Дополнительно Агент может также указать сведения о Принципале и об агентском договоре (письмо Минфина России от 23.04.2012 N 03-07-09/40).
Выставленные покупателям (Заказчикам) счета-фактуры регистрируются Агентом только в части 1 журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость, Постановления N 1137. В книге продаж эти счета-фактуры агентом не регистрируются (п. 20 Правил ведения книги продаж, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость, Постановления N 1137).
Одновременно Агент сообщает Принципалу показатели выставленного покупателю (Заказчику) счета-фактуры.
Принципал, в свою очередь, должен выдать Агенту счета-фактуры, в которых отражены показатели счетов-фактур, выставленных Агентом покупателям (Заказчикам), а также счета-фактуры при получении суммы оплаты (частичной оплаты), в которых отражены показатели счетов-фактур, выставленных Агентом покупателям (Заказчикам), и зарегистрировать их в книге продаж. Поэтому Принципал на основании полученных от Агента данных о реализованных услугах (работах) выставляет счет-фактуру Агенту той же датой, которой Агентом выписан счет-фактура покупателю (Заказчику). Номер счету-фактуре присваивается в соответствии с индивидуальной хронологией составления счетов-фактур Принципала. В строке "Продавец" указываются реквизиты Принципала. В строке "Покупатель" указывается наименование фактического покупателя (Заказчика), а не Агента (пп. "и" п. 1 Правил заполнения счета-фактуры Постановления N 1137, письмо Минфина России от 10.05.2012 N 03-07-09/47). В табличной части повторяются все данные счета-фактуры, выставленного Агентом в адрес покупателя (Заказчика). Агент регистрирует полученный от Принципала документ в части 2 журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость, Постановления N 1137.