Согласно п. 1.1 ст. 172 НК РФ НДС по приобретенным товарам (работам, услугам), включая НДС, уплаченный при ввозе товаров на территорию РФ, можно принимать к вычету в пределах трех лет после принятия на учет этих товаров (работ, услуг).
Минфин России выпустил письмо от 09.04.2015 № 03-07-11/20293, в котором разъяснил, что при применении данной нормы на основании одного счета-фактуры НДС можно принимать к вычету частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг). Нормам Налогового кодекса это не противоречит.