Доброго времени суток!
Движения по деятельности ЕНВД минимальны, поэтому в свое время использовали следующий механизм - при перемещении товаров на деятельность ЕНВД, по списанным с деятельности ОСН партиям, формируются сторнировочные записи в Книгу покупок.
Какое-то время данной схемой не пользовались, так как ЕНВД отсутствовало, а во 2 квартале 2016 к ней вернулись, так как ЕНВД вновь появилось.
И так как сейчас декларация по НДС сдается с книгами, то возникли сомнения - можно-ли отражать сторнировочные записи в Книге покупок, и какой код вида операции задавать, или все-таки правильнее отражать данные операции в книге продаж с плюсом, и опять-же вопрос - с каким кодом операции.

Судя по статьям в бухгалтерских изданиях вроде-бы можно и в Книге покупок сторно отражать, главное отразить это в учетной политике?

Еще раз обращаю Ваше внимание на то, что принятые налогоплательщиком методы ведения раздельного учета, определения пропорции и отражения сумм НДС должны быть закреплены в учетной политике для целей налогообложения.