Методом "тыка" я, кажется, нашла вариант решения этого вопроса в 1С такой:
1. При проведении документа "Приказ на увольнение" я указываю "Удержание за неотр. отпуск" - кол-во дней.
2. Начисляю "отпуск", вручную меняя период расчета, чтобы средний заработок совпадал с начислением отгулянного ранее отпуска.
3. Получив расчетную сумму, которая по каким-то непонятным мне причинам более не в какие расчеты не попадает, делаю документ "ввод расчетов сотруднику", выбирая разовую премию и показывая нужную мне сумму отпускных к возврату с МИНУСОМ!.
4. Далее начисляю зарплату обычным образом. Итоговая сумма дохода за данный месяц получается равна разнице между начисленной зарплатой и удержанной сумму излишне выплаченных отпускных. И с этой разницы начисляется НДФЛ и ЕСН. По общим итогам года получается более-менее похоже.
Завтра проверю точно еще разок и выложу здесь результаты "научных экспериментов"