Налогоплательщик обязан составлять счета-фактуры и вести книги покупок и книги продаж. Это установлено п.3 ст.169 НК РФ. За нарушение этого правила, в частности, в разрезе рассматриваемого вопроса, продавца могут оштрафовать от 10 до 30 тыс.руб. (по ст.120 НК). Более того, например, при возврате аванса покупателю или при расторжении договора продавец имеет право принять к вычету НДС с такого аванса.
А вот при нарушении порядка выставления счетов-фактур или ведения книг продаж и/или покупок - могут отказать в вычете; и при проведении проверки (при наличии нарушений) - выставлять многочисленные требования, как продавцу. так и покупателю....
Более того, сейчас налоговая декларация по НДС требует "схлопывания" данных счет-фактуры продавца и данных счет-фактуры покупателя. Иначе, при расхождении этих данных, или при их отсутствии у одной из сторон сделки в декларации, в частности у продавца, покупателю будет отказано в вычете. А это, навряд ли благожелательно скажется на ваших отношениях с контрагентом...
Думаю, что существует еще очень много нюансов, которые мной не отражены, но в любом случае при отсутствии счетов-фактур у продавца или при нарушении правил их выставления, а также ведения книг покупок и продаж, негативных последствий больше, чем положительных.
Что же касается формы хранения счетов-фактур - это зависит от учетной политики контрагентов, технических возможностей (в частности ведение электронного документооборота в организации), а также позиции вашего налогового органа на данный вопрос.
Хотя, в принципе, законодательство разрешает хранение счетов-фактур, как на бумажном носителе. так и в электронном виде)
Надеюсь, что ответила на Ваш вопрос.
