в сч-фактуре в гр.наименование указан только договор

[Lara77]

без указания конкретного описания услуги.
Будет ли влиять такая формулировка на вычет НДС?
(не аванс)

[Январь]

Будет влиять, отрицательно. Должно быть указано наименование. Вы же не договор покупаете