До 31.12.2004 года налоговиками озвучивалось мнение, что поскольку выбывшие в результате хищения товаро-материальные ценности не использовались при осуществлении операций, облагаемых налогом на добавленную стоимость, суммы этого налога, ранее принятые к вычету по таким товаро-материальным ценностям, необходимо восстановить и вернуть в бюджет (письмо МФ РФ от 20 сентября 2004 г. N 03-04-11/155).
С 01.01.2006 года вводится в действие новая редакция ст.170 НК РФ, в которой (п.3 ст.170) установлен закрытый перечень случаев, когда вычеты подлежат восстановлению в бюджет:
1) передача имущества в качестве взноса в уставный капитал;
2) дальнейшее использования для деятельности, не облагаемой НДС (в т.ч. переход на спецрежимы).
По моему мнению, если ТМЦ были похищены, испорчены, или обнаружена недостача при инвентаризации, с 01.01.2006 года восстанавливать НДС по ним не нужно.


