В настоящее время в недобросовестности могут упрекнуть буквально любого налогоплательщика.
И не обязательно иметь юридический адрес не соответствующий фактическому или просто попавшему в «черный список», иметь учредителя или руководителя имеющий статус «массового» (хотя формально – это не есть нарушение Закона), можно показывать прибыль по балансу и иметь там имущество, вести деятельность с соблюдением законодательства………. но общаться или работать с «аморальными» или как их принято называть «недобросовестными» контрагентами.

Что является критерием недобросовестности?
Какие ассоциации у налоговых и правоохранительных органов может вызвать то что:
1. Руководство Вашей фирмы отсылая большие средства за большой период (к примеру год) в фирму Х за некие ТРУ не знает как выглядит ИХ руководитель, ни когда не получало и не писало в фирму Х писем, не разговаривало с ними по телефону. Сотрудники затрудняются сказать как выглядит их машина которая каждую неделю привозит кирпичи, их «консультанты, аудиторы, маркетологи» которые на протяжении многих лет их «консультируют» и т.д..
2. Уверены ли Вы что фирма Х не обладает признаком однодневки? Это минимальный уставной капитал, учредители и (или) руководство потеряла свои паспорта или признано невменяемым после регистрации, убыток в течении длительного периода, отсутствие имущества на балансе, отсутствие экономической целесообразности проводимых фирмой Х операций, сдают ли они достоверные отчеты и сдают ли их вообще…
Все это может повлечь к отказу в признании расходов и вычетов по НДС.

Добросовестность налогоплательщика Химера или новый этап в налогово-нравственном развитии государства? Как это соотнести со ст. Конституции РФ «Свободой совести»?
Может ее отменим и напишем кодекс Совести или как было при Сталине «культ личности»…

Из письма в налоговую инспекцию: (Анегдот)
"Посылаю Вам 500 рублей недоплаченных налогов. Если завтра опять не смогу уснуть, то пришлю остальное..."

Воровали на Руси всегда и всегда искали оптимальные способы борьбы с воровством. Законы… можно их усложнить и усилить до такой степени что страшно будет заниматься бизнесом и его сопровождением вообще. С другой стороны…. Свобода – это анархия в руках бессовестных людей.
Свободу нужно держать в разумных пределах.

Понятие совести, а именно «добросовестный налогоплательщик» ввел в оборот Конституционный Суд РФ в постановлении от 12.10.98 № 24-П, рассматривая вопрос о моменте исполнения обязанности по уплате налога.
В дальнейшем сфера применения понятия "добросовестный налогоплательщик" расширялась. Так, "создатель" данного понятия - КС РФ – стал ссылаться на презумпцию добросовестности налогоплательщика, выводя ее из п. 7 ст. 3 Налогового кодекса РФ (помимо уже упомянутого определения от 25.07.2001 № 138-О, такая ссылка присутствует в определениях от 16.10.2003 № 329-О, от 04.12.2003 №№ 441-О и 442-О). Между тем, строго говоря, в п. 7 ст. 3 НК РФ говорится не о добросовестности налогоплательщика (данное понятие до сих пор отсутствует в законодательстве), а о толковании в пользу налогоплательщика законодательных норм, содержащих неустранимые неясности и противоречия. Главное противоречие это Конституционная «свобода совести» т.е. совесть по определению не может быть доброй или злой, ибо ЭТО понятие относительное. При чем очень.
Начала складываться определенная практика применения понятия "добросовестный налогоплательщик". КС РФ указал (определение от 16.10.2003 № 329-О): "Правоприменительные органы не могут истолковывать понятие "добросовестные налогоплательщики" как возлагающее на налогоплательщиков дополнительные обязанности, не предусмотренные законодательством".
Дополнительный импульс понятие "добросовестности" получило после обнародования определения КС РФ от 08.04.2004 № 169-О, точнее, даже не самого определения, а выпущенного в его разъяснение документа под названием "Об Определении Конституционного Суда Российской Федерации от 8 апреля 2004 г. N 169-О" (получено от пресс-службы Конституционного Суда Российской Федерации)"
Из разъяснения пресс-службы КС РФ можно сделать вывод, что понятие "добросовестный налогоплательщик" (в совокупности со схожим понятием "деловая цель") должно стать одним из краеугольных камней всей налоговой системы России. С другой стороны, совсем недавно уже сам КС РФ принял определение, разъясняющее определение № 169-О, и в этом документе понятие "добросовестный налогоплательщик" почему-то не используется.
Термин обрастал мифическими толкованиями и недобросовестным использованием налоговых органов которые любое применение оптимизации налогообложения приравнивали с недобросовестностью. Как будто налогоплательщик «спит и видит» как бы побольше заплатить налогов. Чем больше налоговое бремя – тем «добросовестней». Главным образом опала налоговиков затронула зачет НДС по внешнеэкономическим операциям, наш любимый ЕСН (с зарплатой «в конвертах») и конечно же прибыль. Точнее убыток или ее мизерную величину… явно не соответствующую действительности. В принципе это больное место большинства организаций.
Про зачет НДС – отдельная тема. Экспорт-импорт товаров сплошь и рядом пользуется виртуальной бухгалтерией.
ЕСН, я думаю самое сложнодоказуемое и нервируемое налоговиков. Поднять зарплату с 1500-2000 рублей до рекомендуемых 5000-7000 рублей – это всего лишь давление на боязнь налогоплательщиков проверок и просто неграмотность…. закона то нет!!!
С прибылью проще. Можно чисто экономическими методами вычислить среднюю прибыть по данной отрасли и виду деятельности и «гасить» те организации которые уже не первый год работают в убыток или имеют прибыль до Х рублей (50 000 рублей к примеру, при выручки 10-12 млн. в год при среднеотраслевой к примеру 400-500 тыс.).