сразу оговорюсь, что это мое видение, ИМХО так сказать.
Исправить - это сторнировать выручку в части бракованной продукции, брак частично списать за счет виновных лиц (если есть), частично оприходовать как мпз (если это еще можно использовать), остальное прочие расходы. Входящий НДС по браку, если нет желания судиться, придется восстановить в части не оприходованной как МПЗ, свой начисленный НДС, разумеется, к вычету.
Если поступить как Вы пишите, и оставить на 41 счете, то можно обнаружить недостачу, например, в ходе ежегодной инвентаризации, тогда 91 счет (в части, превышающей нормы естественной убыли). Здесь с входящим НДС тоже проблемы - налоговики требуют его восстановить, хотя судебная практика на стороне налогоплательщика.
В общем Вам решать
