Лучше выставить сч/ф на аванс и подать уточненку НДС. сама неоднократно проходила камералки по разным причинам, и экспорт, и возмещение и встречка, и теперь по опыту знаю, что бы не возвращать деньги из бюджета, у них есть негласное правило - придираться, т.е. тщательно все рассматривать. и если вы хотите свои вернуть , сделайте как правильно и проблем будет меньше. сумма к возмещению наверно не измениться, но то что вы не указали и не выставили сч/ф на аванс могут повлиять на решение о возмещении. но это мое мнение. решать вам.
сч/ф я не сшиваю с журналом.