Наверное можно ничего не делать. Вы же имущественный вычет собираетесь получить, так что доделайте декларацию 3-НДФЛ до конца, и этот 1 рубль "растворится" непосредственно в самом вычете.
Если я Вас правильно поняла, то на стадии формирования "Листа А" выходит, что суммарная задолженность по двум источникам доходов в пользу бюджета. Например, по данным справки 2-НДФЛ работодатель ХХХ удержал за 2014 год 999 руб, а по расчёту налоговой базы и суммы налога по доходам программа "Декларация 2014" выдаёт 1000 руб. Ну и плевать! Как только в дело пойдёт вычет, та же самая программа насчитает к возврату из бюджета именно столько, сколько этот работодатель удержал. Не вижу проблем. Вы не отвечаете за своего налогового агента, а только надеетесь на его грамотность
