1) Если она является "премией за период, превышающий один месяц", то соответствующий абзац имеет к ней прямое отношение.
2) А особняком идет не "годовая премия", а лишь те "годовые премии", которые учитываются по особым правилам, то есть годовые премии за предшествующий событию год. Все прочие "годовые премии" учитываются по общим правилам - они должны быть начислены в расчетном периоде.
Логику обсуждаемых двух абзацев можно представить примером такого объявления в кинотеатре:
1. Дети проходят на сеанс бесплатно.
2. Мальчикам младше 10 лет вход воспрещен.
Вопрос: Может ли попасть на сеанс мальчик 12 лет?
Я скажу - Да, может в соответствии с 1-м абзацем.
Вы скажете - Нет, не может - про мальчиков написано лишь во 2-м абзаце и о судьбе 12-летних там ничего нет.
Кто прав? Мне ответ очевиден, а вам?
Также и с годовыми премиями - во 2-м абзаце написано об учете не всех годовых премий, а лишь о тех, которые начислены за предшествующий событию год.
Всех прочих годовых премий этот абзац не касается. Но не касается - синоним не "запрещает", а "не регулирует", "не определяет".
Судьбу всех прочих годовых премий определяет 1-й, "общий" абзац - они включаются, если начислены в РП.