у ЕГАИС нет задачи отслеживать розничную продажу немаркированной АП, а тем более розничные остатки по этой АП. AlcCode был добавлен (в УТМ версии 2.03) в пивной чек, как "необязательный реквизит" для тех, кто хочет, чтобы и в ЕГАИС при розничной продаже через кассу, остатки списывались также, как и по маркированной продукции (так как остатки в Регистре №2 хранятся в разрезе AlcCode).
т.е. отслеживать эти остатки в ЕГАИС по пиву ФСРАР не собирается. Как Вы в своей программе организуете списание пива по Алкодам при розничной продаже, так оно и будет списываться в ЕГАИС, если никак не организуете, то никак не будет списываться