Вот именно по этому поводу (соответствия удержаний в 6-НДФл и 2-НДФЛ) задал вопрос в ФНС. Центральный аппарат отвечать не стал, перенаправил запрос в областной. Судя по всему, они сами пока точно не знают, как должно быть и что чему должно соответствовать.







100-31.01.2016
Если Вы производите выплату после дня начисления в бухгалтерском и налоговом учете, а это последний день месяца, то можете называть её авансом, но это будет выплата уже начисленной зарплаты с уже начисленным НДФЛ. Соответственно, его нужно удержать при любой последующей выплате (в т.ч. и при выплате в последний день месяца), как бы вы её ни называли.
Если часть зарплаты выплачивается в последний день месяца, то это уже не аванс. В последний день месяца зарплата вполне может быть (по мнению чиновников) рассчитана и определён доход, с которого нужно исчислить и удержать НДФЛ и минимальный период для налогов - день (не часы, минуты, секунды). По крайней мере, НК РФ не представляет отсрочку на какой-то период для нерасторопных налоговых агентов. Именно поэтому и не рекомендуется устанавливать дни выплаты, попадающие на конец месяца.